PerlPrimer: PCR Primer Tasarımı için Kullanışlı Araç
PerlPrimer, PCR, bisulfit PCR, gerçek zamanlı PCR ve dizileme için primer tasarımı yapabilen ücretsiz ve açık kaynaklı bir GUI uygulamasıdır. Bu yazılım, primer tasarım sürecini otomatikleştirip basitleştirmeyi amaçlar. Uygulamanın sunduğu başlıca özellikler arasında olası primer-dimerlerin hesaplanması, Ensembl'den gen veya cDNA dizilerinin alınması ve NCBI sunucusu kullanarak primerlerin BLAST araması yer alır. Sonuçlar, çoğu elektronik tablo uygulamasıyla uyumlu olan sekme ile ayrılmış formatta kaydedilebilir veya dışa aktarılabilir.
PerlPrimer, PCR koşullarına bağlı olarak tuz koşullarını ayarlamak için çeşitli hesaplama yöntemleri kullanır ve bu sayede yüksek doğrulukta erime sıcaklığı tahminleri sunar. Ayrıca, QPCR için manuel intron-ekson sınırı girişi gerektirmeden primer tasarımı yapılabilir. Perl ve Perl/Tk kullanılarak yazılmış olan bu program, hem Windows hem de GNU/Linux tabanlı işletim sistemlerinde test edilmiştir ve Mac OS X üzerinde de başarılı bir şekilde çalışmaktadır.
